Según afirma el ingeniero militar Juan de Zurita la primera Iglesia construida en Melilla se derribó en 1553 y sus piedras fueron usadas para construir otras iglesias, comentario que se confirma por las donaciones citadas por los monarcas, en órdenes reales de los años 1562 y 1587, y otras órdenes para reparación de las iglesias.
En carta fechada en Melilla el 11 de marzo de 1554, Bartolomé Dorador, advertía al príncipe que peor vecino de los moros, era la laguna de Melilla o Mar Chica, situada a media legua de la ciudad, servía de asilo a todo barco procedente de Argelia
y daba refugio a toda la piratería que por allí se acercaba, la laguna entrañaba un peligro temible, pero al mismo tiempo ofrecía posibilidades de servir de puesto de observación. Los turcos y los argelinos proyectaron utilizar la Mar Chica como punto de apoyo marítimo y la intención de edificar una fortaleza en la boca de entrada de la laguna, de llevarse a cabo, hubiera planteado serios problemas a la ciudad de Melilla. En esa carta se hacía el siguiente relato: La Mar Chica de los españoles y llamada por los moros Seb-kah de Bou Erg, es una depresión que empieza a 5 kilómetros al sur de Melilla y que mide unos entre 25 y 30 kilómetros de largo sobre una anchura de 6 y 10 kilómetros, está aislada del mar por una estrecha faja de tierra que presenta en su parte norte una apertura de cien metros de ancho. Ese gollete no es muy hondo, pero se encuentran en la laguna fondos de 10 o 15 metros. Está dominada por el Atalayón, monte cónico de una altura de 107 metros y su extremo Norte dista unos dos kilómetros de los límites de Melilla. Está separada por una faja de arena del Mediterráneo con el que se comunica, por la apertura que se llama Bocana, y según la fuerza de los temporales esta apertura lo mismo se abre que se cierra.

La Mar Chica de los españoles, llamada por los moros Seb-kah de Bou Erg
El veedor Bartolomé Dorador, el 6 de mayo de 1554, escribe una carta al príncipe, en la que acusaba al gobernador de gestionar mal el Hospital:
“Si el hospital de esta ciudad está mal proveydo, es por culpa del gobernador que quiere ser el dueño, aunque el duque le ha mandado que el hospital tenía que ser administrado por el veedor”.
En esta fecha la corona pagaba 5.400 maravedíes para un enfermero y una enfermera, pero no había más que uno solo y la mitad del hospital servía de almacén para los bastimentos. El veedor añadía en su carta:
“El hospital que está aquí contiene la mayor parte de los bastimentos del duque y no tienen donde los enfermos y heridos se recojan”.
En el año 1554 y durante un periodo de cuatro meses, los turcos otomanos, consiguieron renacer el antiguo reino de Fez, donde instalaron al nuevo sultán Abú Hasun, que fue asesinado por los saaditas de Marrakech, que volvieron a recuperar el reino de Fez.
Los conflictos en Melilla no se limitaban solo a los gobernadores y veedores. Lo normal era que en Melilla hubiera dos clérigos y en ocasiones las decisiones de la autoridad del gobernador casi soberana, chocaban con los intereses de estos. Uno de estos clérigos, Alonso de Alcaraz, había amonestado a unos hombres que vivían amancebados desde hacía diez o doce años. Juan de Perea el gobernador le dio la orden de marchase de Melilla. El clérigo llevó el caso al veedor que intercedió por él, pero el gobernador respondió
“El clérigo no se quedaría en Melilla y que se marcharía, aún teniéndolo que llevar al calabozo”.
El reclutamiento de clérigo era difícil y en muchos casos, necesario era conformarse con individuos más o menos sospechosos. En 1555 siendo Hernando de Bustillo veedor de Melilla, decía: el clérigo que es despachado de aquí se emborrachaba como solía hacerlo en su país; es según me han dicho de Flandes.
El Sultán saadita de Marraquech, Al Mahdi, presintiendo el peligro de los turcos sobre sus territorios, se alía con Carlos V en contra de estos que estaban expandiéndose por el Norte de África. Los españoles aceptaron porque también estaban amenazadas las plazas de Oran, según estadillo de 1555 defendida por 900 soldados, la de Bugía (Argelia) defendida por 400 y la fortaleza de la Goleta por 1500, la alianza duró poco debido a la desconfianza mutua.

Felipe II de España. Rey de España, Portugal,
Nápoles, Sicilia, Cerdeña, Inglaterra e Irlanda,
Duque de Milán, Soberano de los Países Bajos
y Duque de Borgoña. (3)
Según la Historia de España de Carogio, en Melilla se establecía una guarnición de 700 infantes y 50 de a caballos, cuyo coste anual suponía 27.000 ducados, ascendiendo los gastos de fortificación en el año 1555 a 6.000 ducados.
El 7 de junio de 1556, el Duque de Medina Sidonia queda exonerado de todas las obligaciones que le ocasiona la ciudad de Melilla al transferir la hacienda de la misma al Emperador Felipe II, que pasa a ocuparse a todos los efectos de la ciudad. Es nombrado por el rey el nuevo alcaide o gobernador, que recae en la persona de Alonso de Urrea, y se mantenía en el cargo de veedor a Hernando de Bustillo también nombrado por el rey.
Habiendo ordenado la corona que no se empleasen ya a los esclavos en trabajo en la ciudad de Melilla, sus dueños dejaban de percibir el beneficio del sueldo que el esclavo generaba. El gobernador Alonso de Urrea, dueño de más de uno, se lamentaba de que con sólo su sueldo no podía sustentarse; y con fecha 6 de agosto de 1556, escribe a su alteza real:
“Vra. Alteza manda que esclavo ninguno trabaje en las obras ni gane ningún sueldo de Vra. Alteza. Ansí se hará como Vra. Alteza lo manda, aunque, la berdad, es muy grande agrabio para me sustentar y con trabajos mis esclavos me ayudan a sustentar”.
Diez días después Urrea insistió con otra carta a que esa orden no se le aplicase, pero se tuvo que contentar porque las cartas no surtieron efectos. Si el que más ganaba en la plaza tenía dificultades para mantenerse que sería del que menos ganaba. Volvió a quejarse a su alteza en el sentido que sólo tenía entre 10 y 12 esclavos, que trabajaban muy bien y con el socorro de estos se sustentaba. Es curioso que Urrea no supiera el número de esclavos que poseía, sería casi la mistad del total que había en la plaza. Tener esclavos era entonces legal. Después de estas cartas, no hubo más noticias de otras, debieron responderle con una negativa rotunda y definitiva.
Según cita de Mir Berlanga, publicado por Jesús Salafranca, el primer censo de la Hacienda Real de los residentes en Melilla realizada en septiembre de 1556, tiene el siguiente resultado:
“Alcayde” Gobernador (1); Oficiales (15); Ballesteros y piqueros (167); Arcabuceros (163); Jinetes (25); Artilleros (9); Marineros (18); Oficiales de fronteras (6); Oficiales del Rey (3); Azadoneros (30); Canteros (7); Curas (2); Sacristán (1); Mujeres 70, de ellas diez profesionales del sexo; Niños 100 y esclavos de ambos sexos (28), en total suman 645 personas y de estas sujetas a revistas son 447".
Al total de estas cifras, otras fuentes añaden 13 gastadores de obra, en este caso el total sería 658.
Melilla no tenía terreno para cultivar o muy poco e insuficiente para poder alimentar a la población, se veía forzada a recibir el abastecimiento de los veedores instalados en Málaga, a veces los productos alimenticios no llegaban a tiempo, las tempestades que las frágiles embarcaciones apenas podían soportar y, lo que era peor, la falta de dinero, lo impedía y esa fue causa de que en mucha ocasiones la población pasara hambre, motivo por el que se dio algún que otro fallecimiento.